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La Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales ostenta el privilegio de tener la primera carrera de Posgrado de la Universidad Nacional de San Juan. En 1969 se creó una Comisión de Doctorado en Ciencias Geológicas y se aprobó el Plan de la Licenciatura y el Doctorado por la Ordenanza 7/69 del 12 de Marzo de 1969. En la actualidad esta facultad cuenta con cuatro carreras de doctorado y una maestría, todas acreditadas por CONEAU. Las mencionadas carreras son: Doctorado en Ciencias Geológicas, Doctorado en Geofísica, Doctorado en Astronomía, Doctorado en Ciencias Biológicas y Maestría en Informática.
